Passau befindet sich an der Grenze zu Österreich und wird durch das Zusammenfließen der Flüße Donau, Inn und Ilz auch Dreiflüssestadt genannt.
Die Klinik Passau Kohlbruck selbst liegt ruhig in einem 7,5 Hektar großen parkähnlichen Grundstück am Übergang zwischen dem Stadtgebiet und dem Erholungsgebiet Neuburger Wald.